A 00H37 GMT, le vol MS804, un Airbus A320, qui se trouvait à une altitude de 37.000 pieds (plus de 11.200 m), "a effectué un virage de 90 degrés à gauche puis de 360 degrés à droite en chutant de 37.000 à 15.000 pieds" avant de disparaître des radars à 02H45 heure du Caire (00h45 GMT), a indiqué le ministre grec de la Défense, Panos Kammenos.
Le ministre égyptien de l'Aviation civile n'exclut ni "l'acte terroriste", ni "l'incident technique".
L'appareil transportait 56 passagers, dont un petit garçon et deux bébés, ainsi que sept membres d'équipage et trois officiers de sécurité, a ajouté plus tard la compagnie nationale dans un communiqué.
Le contact radar a été perdu alors que l'avion se trouvait "à 30 ou 40 miles (48 à 64 km) de la côte" nord de l'Egypte, a assuré sur la chaîne américaine CNN Ahmed Adel, vice-président d'EgyptAir.
Des appareils et navires des secours civils et de l'armée passaient la zone au peigne fin en mer Méditerranée dès le milieu de la nuit, selon le communiqué de la compagnie aérienne.
Dans l'aérogare des arrivées de l'aéroport du Caire, tout était calme au petit matin, a rapporté un journaliste de l'AFP, les familles des passagers ayant probablement été immédiatement isolées dans une pièce à part. Le vol MS804 n'était pas mentionné sur les tableaux électroniques des arrivées.
L'appareil devait atterrir à 03h05 (01h05 GMT).
Toutes les hypothèses étaient ouvertes jeudi matin, celle de l'accident en premier lieu.
Le 31 octobre dernier, une bombe avait explosé à bord d'un avion transportant des touristes russes peu après son décollage de la station balnéaire de Charm el-Cheikh, dans le sud sud-est de l'Egypte, tuant ses 224 occupants. L'attentat a été revendiqué par la branche égyptienne de Da'ech, qui multiplie en Egypte attentats et attaques, visant principalement les forces de sécurité.
Et, le 29 mars, un pirate de l'air "psychologiquement instable" avait détourné vers Chypre un avion EgyptAir, qui avait décollé d'Alexandrie et transportait 55 passagers. A l'arrivée à l'aéroport chypriote de Larnaca, l'homme avait libéré une grande partie des passagers, puis s'était rendu sans heurt au bout de six heures de négociations.
L'avion d'EgyptAir reliant Paris au Caire avait émis "un message de détresse" quelques minutes auparavant, a annoncé dans un communiqué la compagnie nationale égyptienne, contredisant une précédente information.
Ce message a été capté à 02h26 GMT, moins de 10 minutes avant que l'Airbus A320 ne disparaisse des écrans radars, a précisé à l'AFP un responsable d'EgyptAir.
Trente Egyptiens et 15 Français voyageaient à bord du vol EgyptAir reliant Paris au Caire, qui a disparu jeudi des écrans radars au-dessus de la mer Méditerranée, a annoncé sur son compte Twitter la compagnie aérienne égyptienne.
EgyptAir a publié une liste énumérant les nationalités des 56 passagers: 30 Egyptiens, 15 Français, un Britannique, un Canadien, un Belge, un Portugais, un Algérien, un Soudanais, un Tchadien, deux Irakiens, un Saoudien et un Koweïtien.